Instalasi Tools Workshop

Sebelum acara dimulai, sebaiknya peserta sudah mencoba menginstal semua tools berikut. Jika ada kendala, tidak masalah, kita bisa selesaikan bersama saat sesi workshop.

1. FastQC

• Panduan instalasi: FastQC Official Page (opens in a new tab)
• Windows, Linux, macOS → cukup unduh & ekstrak, lalu tambahkan ke PATH (optional).

2. Cutadapt

• Dokumentasi resmi: Cutadapt Installation (opens in a new tab)

a) Linux / macOS

• Jalankan perintah berikut di terminal:

  pip install cutadapt
  cutadapt --version

b) Windows

Karena Cutadapt perlu dikompilasi, maka dibutuhkan compiler:

1. Unduh dan instal Python (≥3.7) dari python.org (opens in a new tab).
2. Unduh & instal Build Tools for Visual Studio 2019 dari
   Visual Studio Build Tools (opens in a new tab).
3. Saat instalasi, centang C++ Build Tools. (File instalasi cukup besar, proses bisa lama).
4. Setelah selesai, buka Command Prompt (cmd.exe) dan jalankan:

   py -m pip install cutadapt
5. Uji instalasi dengan:

   py -m cutadapt --version
   Jika berhasil, akan muncul versi Cutadapt.
6. Catatan: di Windows, jalankan Cutadapt dengan py -m cutadapt (bukan hanya cutadapt).

3. R & RStudio

Panduan instalasi resmi ada di halaman berikut:
👉 RStudio Desktop (Posit) (opens in a new tab)

Di halaman tersebut sudah ada urutan instalasi:

• Step 1 – Install R (pastikan versi terbaru, ≥4.3)
• Step 2 – Install RStudio (desktop edition)

4. Paket dalam R

Setelah R dan RStudio terinstal, buka RStudio lalu jalankan perintah berikut satu per satu di console:

• Instal BiocManager

  install.packages("BiocManager")

• Instal paket utama (dari Bioconductor)

  BiocManager::install("dada2")
  BiocManager::install("phyloseq")
  BiocManager::install("mia")
  BiocManager::install("miaViz")

• Instal paket tambahan (dari CRAN)

  install.packages("ape")
  install.packages("ggplot2")
  install.packages("pheatmap")